Моя очередная бредовая идея

Давайте сделаем компютерный симулятор ДНК, или по крайней мере какого-нибуть белка.

Resurrector>Давайте сделаем компютерный симулятор ДНК, или по крайней мере какого-нибуть белка.

Ага, а лучше--- подключимся к разработке GROMACS'а. Только, вот незадача, программы такие, как правило, (1)стараются делать под Уних (Unix), (2)довольно сложные и громоздкие, (3)жрут столько процессорного времени, сколько вы им дадите, (4)результаты имеют довольно мало общего с реальностью.
Лично моё мнение таково: здесь нужен свой Гайзенберг (для Resurrector'а--- это немец ). Но этот Гайзенберг без экспериментальных данных ничего не сделает, а все опыты по данной теме носят полусекретный характер. То есть, их не государство секретит, а фармацевтические фирмы, впрочем, от этого не легче. Так что придётся пока пить лекарства без научного обоснования...

Resurrector>Давайте сделаем компютерный симулятор ДНК, или по крайней мере какого-нибуть белка.



Да ну его... Мне кажется интересным вот что - в середине 80-х годов в научпопе публиковались статьи по моделированию эволюции на ЭВМ. Прошли путь от одноклеточных до рыб (может и дальше, но не помню). Внешний вид "организмов" выводился в графике. Ресурсы той машины просто смешные по сравнению с любым современным писюком... Вот бы ту программулину перекомпилировать под Винду, графика, конечно, 3Д и прочие навороты добавить, возможность задавать условия - классная игра получится для тех кто хочет учиться.

1. ЗАЧЕМ?
2.Нужен "Крэй".
3. Это уже не ново...

>Resurrector>Давайте сделаем компютерный симулятор ДНК, или по крайней мере какого-нибуть белка.



>Да ну его... Мне кажется интересным вот что - в середине 80-х годов в научпопе публиковались статьи по моделированию эволюции на ЭВМ. Прошли путь от одноклеточных до рыб (может и дальше, но не помню). Внешний вид "организмов" выводился в графике. Ресурсы той машины просто смешные по сравнению с любым современным писюком... Вот бы ту программулину перекомпилировать под Винду, графика, конечно, 3Д и прочие навороты добавить, возможность задавать условия - классная игра получится для тех кто хочет учиться.
Нууу, это конечно намного интереснее, однако, ИМХО, и намного труднее.

> намного труднее.

Я тебя умоляю ...

Resurrector>Давайте сделаем компютерный симулятор ДНК, или по крайней мере какого-нибуть белка.

Нельзя ли развить мысль? Симулятор чего конкректно? 3D-картинки как ДНК и белков имейуться и уже давно (есть даже вариант со стериоизображением). Программы предсказываюшые какую структуру будут принимать протеинове молекулы есть, но они ехсе довольно часто ошибаются, поскольку многое не известно и не все понятно.

Гайзенберг без экспериментальных данных ничего не сделает, а все опыты по данной теме носят полусекретный характер. То есть, их не государство секретит, а фармацевтические фирмы, впрочем, от этого не легче. Так что придётся пока пить лекарства без научного обоснования...

 

Кто чего секретит??? Попробуйте в PubMed набрать 3D-structure, и вас завалит научными статьями. Те же фирмы могут скрывать разработки, но если они что-то получили - то патентуют. через какое-то время действые патента кончается.....
Любое лекарство прежде чем выйдет проходит очень жесткую экспертизу, с другой стороны много лекарств которе непонятно как работаю, аспирин к примеру.

Зверь>Кто чего секретит??? Попробуйте в PubMed набрать 3D-structure, и вас завалит научными статьями. Те же фирмы могут скрывать разработки, но если они что-то получили - то патентуют. через какое-то время действые патента кончается.....
Любое лекарство прежде чем выйдет проходит очень жесткую экспертизу, с другой стороны много лекарств которе непонятно как работаю, аспирин к примеру.

Я вам могу ещё много других полезных ссылок нарыть... Однако, они вам нужны? Наверняка вы их и сами знаете. Что касается патентов--- без разработчика из данной фирмы в его сути, как правило, разобраться невозможно. Для этого требуется знание деталей разрабатываемого проекта, что, как вы и сами сказали, тщательнейшим образом скрывается.

P.S.: Вообще-то, я не имею богатого опыта ведения проектов в данной области. Только некоторое знакомство... По сему--- споры со мной бессмыслены. А вот поучить меня можно (я бы даже сказал, нужно). Моё высказывание призвано было пробудить интерес к предложению Resurrector'а.

Я вам могу ещё много других полезных ссылок нарыть... Однако, они вам нужны? Наверняка вы их и сами знаете.

 

Мне для большенства случаев хватает однойPubMed.

Что касается патентов--- без разработчика из данной фирмы в его сути, как правило, разобраться невозможно. Для этого требуется знание деталей разрабатываемого проекта, что, как вы и сами сказали, тщательнейшим образом скрывается.

 

Очень сомнительное утверждение. Вопервых множество примеров того когда действые патента истекает тут же начинаеться бум его производства (Пропиша - средство от облысениаы). Второе большентво, до 90%, а может и более иследований производиться на public money. Фирмы даже преуспеваюшые неспособны потянуть такой об"ем иследований и что они делают так это тесно сотрудничают с научными организациями, если что либо всплывает пытаються переманить к себе оставляя право ученому на публикацию своих иследований после того как открытые запатентовано, более того они имейут возможность ездить на конференции, обшаться ит.д.. Работать в яшике согласяться только второсортне .... более того, работая в таком заведении будет ограничены возможности людей получить совет консультацию или помошь, что широко распрастранено в научном мире. Фирмы же заинтересованны в возрате вложенных денег и им гораздо выгодней дать возможность совмешать наычную и коммерческую дейательность.

Когда ДНК высождают она скорее напоминает соплю чем кристал, если ее высушить то сушенную ... Вообшем-то я не разу не видел случя когда бы ДНК было так много что ее можно было засыпать в банку. Обычно люди работают с микрограммами (1 микрограмм называют гамма и это очень много) и соотвественно никто ее в сухом виде не хранит.

Наверно кристалогрофы для своих целей умудряються получать кристаллы, но там длина отрезка наврядли больше 100-200 пар.

Расчет собственно чего??? Но основании эксперементальных данны известны растояния между всеми атамоми в каждой паре... известно как влияет соседняя пара ит.д. Чегу тут симулировать ... ничего интересного не осталось, а вот белки совсем другое дело.....

Вот и ладушки.

Граждане, поясните мне один факт: чего сама молекула настолько маленькая, что умешается в капле слюны в количестве... охренительном, если длина цепи ДНК - ПОЛТОРА МЕТРА???

ЗЫ только чур сильно не ржать, я биологию учил давно и неправда

2 Jstar

Во-первых - это спираль. Да, если ее вытянуть, то у человека она вроде ~ 7 см... Точно не скажу.
А в главных - свернута и уложена в хромосомах так, что мало не покажется. Сами-то хромосомы вроде бы даже в оптику видно.
Для впечатлительных еще более яркий пример: если все нейроны человеческого мозга вытянуть в одну нить (из всех отростков?), ее длина будет~ 400-м расстояниям от Земли до Солнца.

Шаг спирали ДНК - 3.4 Ангстрема на пару оснований.
Т.е. 3.4e-10 м.

Хромосома у E.coli кольцевая, контурная длина - 1.4 мм, 4 млн пар оснований.
У человека суммарное количество хромосомной ДНК - 2,9 млрд пар оснований, суммарная длина ~0,99 м.


Диаметр спирали - 2 нм.
Но она намотана на гистоны, которые свернуты в петли, которые свернуты в петли,которые свернуты в петли... и т.д. пока оно не поместится в ядро...

Немного поправлю. ДНК намотана на гистоновый октамер, далее этот октамеры с помошью другого гистона собираються в спираль, далее ДНК собираеться не в спираль, а в петли, которе удерживаються у основания специфическими белками. Но это все для эукариот, для прокариоты свою кольцевую ДНК суперскручивают (как перекрученная веревка), но это для них не столь критично. Например E.coli растушие на богатой среде вообше ДНК не конденсируют и более того не прекрашают ее синтез во время деления.