[image]

Вопрос по статистической обработке у биологов

нужны советы по методикам
 
1 2 3
US Сергей-4030 #11.10.2010 18:46  @Balancer#11.10.2010 09:14
+
-
edit
 

Сергей-4030

исключающий третье
★★
Насколько я понимаю, тут система строится на том, что публикуемые результаты обычно проверяют в куче лаб и если возникают серьезные расхождения, это становится известным. Мы, может, всего десять мышей заморили, но потом по всему миру еще три сотни заморят.
   6.0.472.636.0.472.63

digger

аксакал

varban> Артиллерия в плане цены единичного эксперимента похожа на биологию

Цена мыши в зоомагазине равна цене 2-х патронов 9х19 :).

>Однако на самом деле распределение - гарантированно НЕ нормальное. Хотя бы из-за износа ствола. Да и прогрев в ходе стрельбы снижает начальную скорость.

Нормальное распределение - Н-того выстрела в серии экспериментов или нескольких - "последующих пуль в очереди".Но это в стрелковке меряют.
   3.6.83.6.8

AidarM

аксакал
★★☆
Mishka> Дык, в том и проблема, что они это пытаются найти. По крайней мере, я так понял про эффективность лекарства. А это одна из главных состовляющих. :( Хм, тут даже разрез может давать вклад, ИМХО. Т.е. надо свести вклад к некой постоянно. Иначе говоря, зафиксировать и не менять. А как? Оперирует не автомат... Да и мышки отличаются по весу, особенностями, etc.

ИМХО характерные разбросы/ошибки с разрезами и т.п. должны были быть исследованы раньше. Биологи ить не первый день работают, какие-то оценки погрешностей от проведения типовых процедур наверное у них есть. В т.ч. оценки грубых, случайных и систематических ошибок при резне малых выборок типовыми наборами бензопил. :F

Vale как-то не раз упоминал офигенную сложность стат. доказательств в биологии и примеры ошибок приводил из-за неучтенного фактора - обучения персонала. Т.е. тамошний пипл очень даже озабочен подобными вопросами. -> Вряд ли лажаются. В случае с лекарствами ИМХО скорее надо искать намеренные подтасовки.

ЗЫ: Никогда не видел/не помню явные ляпы биологов со статистикой. Психологи - да, отжигали и при мне. :D
   

Fakir

BlueSkyDreamer
★★★★☆
AidarM> Vale как-то не раз упоминал офигенную сложность стат. доказательств в биологии и примеры ошибок приводил из-за неучтенного фактора - обучения персонала. Т.е. тамошний пипл очень даже озабочен подобными вопросами. -> Вряд ли лажаются. В случае с лекарствами ИМХО скорее надо искать намеренные подтасовки.
AidarM> ЗЫ: Никогда не видел/не помню явные ляпы биологов со статистикой. Психологи - да, отжигали и при мне. :D

Как считает один мой знакомый биофизик, у хороших биологов знание статистики и её тонких тонкостей нааамного лучше, нежели у среднестатистического физика и даже математика :)

Но это, видимо, всё-таки не у всех.
   7.07.0
+
+1
-
edit
 

varban

администратор
★★★☆
varban>> Артиллерия в плане цены единичного эксперимента похожа на биологию
digger> Цена мыши в зоомагазине равна цене 2-х патронов 9х19 :).

У биологов мыши - не из зоомагазина :)
Ну, или не из того зоомагазина, где за парy мышей дают один евротугрик.
   8.08.0
+
+1
-
edit
 

varban

администратор
★★★☆
digger> Нормальное распределение - Н-того выстрела в серии экспериментов или нескольких - "последующих пуль в очереди".Но это в стрелковке меряют.

В основном думают, что меряют.
Я тоже так думал на первую десятку стволов ;)
   8.08.0

Vale

Сальсолёт
★☆
varban> У биологов мыши - не из зоомагазина :)

Угу. вот отсюда, к примеру:

Питомник лабораторных животных «ПУЩИНО» | Инбредные мыши

Питомник лабораторных животных «ПУЩИНО» // www.spf-animals.ru
 

Цены там есть.
   
+
+1
-
edit
 

Balancer

администратор
★★★★★
varban> У биологов мыши - не из зоомагазина :)

Угу. Вот только даже внутри одного НИИ сегодня лаборатории - отдельно, виварий - отдельно. Рыночная экономика! :)
   7.0.517.367.0.517.36
US Машинист #12.10.2010 07:34  @Balancer#11.10.2010 09:14
+
-
edit
 
Balancer> Есть мысли, как это более цивильно сделать?

Проверка гипотезы с помощью T-теста с двумя группами.


iSixSigma: Six Sigma Resources for Six Sigma Quality

i Six Sigma - Six Sigma Quality Resources for Achieving Six Sigma Results via free articles, tools and resources.

// www.isixsigma.com
 

   3.6.103.6.10

Vale

Сальсолёт
★☆
varban>> У биологов мыши - не из зоомагазина :)
Balancer> Угу. Вот только даже внутри одного НИИ сегодня лаборатории - отдельно, виварий - отдельно. Рыночная экономика! :)

Точно то же самое здесь, в Англии.
   
RU Владимир Малюх #12.10.2010 18:42  @Balancer#12.10.2010 05:16
+
-
edit
 
Balancer> Угу. Вот только даже внутри одного НИИ сегодня лаборатории - отдельно, виварий - отдельно. Рыночная экономика! :)

Добро пожаловать, Новосибирск, пр. Лаврентьева 8А :)
   7.07.0
+
+2
-
edit
 

varban

администратор
★★★☆
Vale> Питомник лабораторных животных «ПУЩИНО» | Инбредные мыши
Vale> Цены там есть.

Самые дешевые мыши и впрямь - по цене патрона авиапушки. А самые дорогие - по цене орудийного выстрела среднего калибра.

С содроганием думаю о цене более крупной и менее серийной живности...

Небось морская свинка - танковый подкалиберный
Собака, скажем, как ПТУР.
А шимпанзе идет по цене ЗУРов :eek::eek:
   6.0.472.636.0.472.63
+
+1
-
edit
 

digger

аксакал

Боевые мыши потому такие дорогие,что прошли военную приемку и внутри у них все закреплено и залито лаком, а живут они от -50 до +50.Целью является единообразие мышей и стабильность результатов эксперимента, с тем чтобы его в другой лабе могли повторить с тем же результатом.Но если погрешность эксперимента настолько велика, то это пустая трата денег, с тем же успехом можно использовать и гражданских мышей.10-кратное количeство гражданских мышей даст заведомо более точный результат, несмотря на их отказы.
   3.6.83.6.8
+
+1
-
edit
 

Vale

Сальсолёт
★☆
digger> с тем же успехом можно использовать и гражданских мышей.10-кратное количeство гражданских мышей даст заведомо более точный результат, несмотря на их отказы.

1. Ты хоть представляешь, что такое убить и обработать 50 мышей вместо 5?
2. Комиссия по биоэтике такое не пропустит.
3. А расходы на содержание мышей не забыл приплюсовать?
   

digger

аксакал

Vale> 1. Ты хоть представляешь, что такое убить и обработать 50 мышей вместо 5?

Если проблема не в стоимости мыши, а в стоимости эксперимента на единицу, то простого решения нет.Но и результат как выше,с погрешностью в сотни процентов.
   3.6.83.6.8

Vale

Сальсолёт
★☆
Не пори чушь, ей больно.
   

Fakir

BlueSkyDreamer
★★★★☆
varban> С содроганием думаю о цене более крупной и менее серийной живности...
varban> Небось морская свинка - танковый подкалиберный
varban> Собака, скажем, как ПТУР.

...плюс самое поганое, что живность со стороны - скажем, кошек на улице наловить - низзя брать. А из вивария таки дороговато та кошка обходится, и у людем немалый гемор - хоть пару раз в неделю животное получить.
Приятель так сильно парился одно время - сосуды они исследовали, так пока договариваливались где-то наловить уличных кошек, и как-то их хитро провести по бумагам, так работали каждый день, потом с ужесточением режима (только из вивария!) работать стало почти не с чем, долго простаивали, потом пришлось переключиться на кусочки сосудов, что удаляют при шунтировании - но это тоже ежедневной работы не получалось: операции-то не каждый день, и не всегда медсестра вовремя занесёт...
   7.07.0

digger

аксакал

Fakir> ...плюс самое поганое,

Решение называется Китай.Цивилизованные нации идут лесом и наука в них гибнет, у китайцев миллион исследователей режут миллиард мышей и делают науку.
   3.6.83.6.8
+
+1
-
edit
 

Vale

Сальсолёт
★☆
digger> Решение называется Китай.Цивилизованные нации идут лесом и наука в них гибнет, у китайцев миллион исследователей режут миллиард мышей и делают науку.

Троллить не надо, раз. Китайцы делают науку не в Китае, а в Европе и Штатах.

Два, если ты не понимаешь зачем используются линейные животные - чтобы вариабельность была ТОЛЬКО по интересующему нас признаку. А все остально было сведено к минимуму.

Короче, читать что-то по планированию экспериментов.
   

digger

аксакал

Vale> Два, если ты не понимаешь зачем используются линейные животные - чтобы вариабельность была ТОЛЬКО по интересующему нас признаку

Это понятно с самого начала, но на деле результаты зависят от сильнодействующих непредсказуемых факторов, не связанных с изменчивостью у мышей.Иначе дисперсия в контрольной группе не была бы такая большая.
   3.6.83.6.8

Vale

Сальсолёт
★☆
1. Я не думаю, что это реальные данные.
2. Все равно, даже при мелкой выборке наверняка возможно статанализом вытянуть те вещества, что поэффективнее. и дальше копать именно их. Увеличивая выборку.
   

Fakir

BlueSkyDreamer
★★★★☆
Vale> Два, если ты не понимаешь зачем используются линейные животные - чтобы вариабельность была ТОЛЬКО по интересующему нас признаку. А все остально было сведено к минимуму.

Ты учти только, что это не во всех экспериментах критично.
   7.07.0

Vale

Сальсолёт
★☆
Не во всех. Но в очень многих.

Вот вам реальный массивчик "живых" биологических данных. Емкость мембраны, то есть площадь поверхости индивидуальных клеток, с которыми я работал. В пикофарадах.

Около 2х месяцев работы. Разумеется, это - не результат, это лишь технический материал.

&nbsp[показать]
   
Это сообщение редактировалось 18.10.2010 в 18:38

Fakir

BlueSkyDreamer
★★★★☆
Обширная, но любопытная цитата не тему применимости вероятностных представлений :)



Рассмотрим вопрос о сферах применимости вероятностного подхода в прикладных исследованиях, в частности экономических. Необходимость такого рассмотрения вызывается непрекращающимися спорами на этот счет, в которых мнения исследователей колеблются между двумя крайними точками зрения. Согласно одной из них любые явления, подвергающиеся
статистическому анализу (даже единичные наблюдения), следует оценивать с вероятностных позиций [69, 82, 98 и др.].

В соответствии с другим мнением, вероятностные оценки либо имеют очень малую область полезного применения, либо неприменимы вообще нигде [8 и др.].
Подробное рассмотрение возникающих здесь сложных и тонких проблем выходит за рамки предмета книги. Однако попробуем по крайней мере четко определить свою позицию (см. также [55]).

Традиционные учебные пособия довольно уклончиво дают определение статистической вероятности, отмечая лишь соответствие наблюдаемых частот некоторым теоретическим числам — вероятностям, при этом не оговаривая подробно, как именно такое соответствие проверять. Последователен в этом отношении только подход Р. Мизеса, сформулированный в первые десятилетия нашего века, им вероятность определена как предельное значение частоты при N -> оо.

Поэтому нельзя говорить о вероятности события в отдельном единичном опыте, а можно говорить лишь о вероятности (частоте) события в серии испытаний. Однако все доверительные интервалы и вероятности — главный продукт математической статистики — построены на основании домысливания некоторых непроверяемых экспериментально вещей: например, предполагается обычно независимость отдельных наблюдений, что проверить в принципе нельзя (требуется проверять независимость отдельных серий наблюдений), постулируется наличие одного закона распределения — а это тоже надо проверять, имея серию серий и т. д. Поэтому, по мнению Ю. Алимова [8], лучше считать только, «первичные», поддающиеся измерению вероятности в форме частот, и определять «доверительные интервалы» непосредственно по отклонениям в сериях, чем прибегать к упомянутым непроверяемым предположениям. Собственно статистические критерии, возможно, и могут применяться в чисто стохастических областях с миллионами наблюдений (в основном в статистической физике), но при тщательной проверке устойчивости, воспроизводимости результатов от серии к серии.
В целом такого рода рассуждения представляются логичными.

Однако, критикуя «теорию» и ратуя за «естественный материализм» прикладника, Ю. И. Алимов проявляет ту самую излишнюю строгость, которая свойственна математике по определению. Во-первых, абсолютно исключаются из рассмотрения нестатистические трактовки вероятности (классическое и логическое определения), что очень спорно. Скажем, чтобы точно убедиться в том, что вероятность выпадения орла равна 1/2, надо в соответствии со статистическим
определением провести очень много испытаний. Вполне вероятно, что они покажут систематическое отклонение частот от этого уровня, т. е. классическое определение окажется неверным (монета не симметрична). Но дело в том, что в огромном числе случаев есть практическая убежденность в истинности гипотезы о симметричности монеты, что позволяет в целях экономии сил и ресурсов не проверять каждое событие статистически. Тот же прикладник может из самых утилитарных соображений принять классическое определение и оказаться почти всегда прав. Аналогично обстоит дело с субъективистскими вероятностями (например, в экспертных системах), где воспроизводимость результатов может в принципе отсутствовать (скажем, при принятии решений о строительстве уникального объекта), но оценки, подобные вероятностным, могут даваться.

Во-вторых, уже в рамках статистического подхода строгие требования к устойчивости статистических наблюдений выглядят во многих случаях чрезмерными. В очень многих случаях действительно гипотезы выборочного метода близки к истине и оценки оказываются практически удовлетворительными, хотя и точно неверифицируемыми. Требование постоянной пошаговой проверяемости сродни нередко бытующему среди экономистов требованию того, чтобы каждый шаг решения какой-то задачи был экономически оправдан. Казалось бы; это верно, но нельзя дать экономическую интерпретацию матричным операциям компонентного анализа или методу ветвей и границ, хотя их результаты и используются в экономическом анализе.

Картина, подобная выборочной, наблюдается и в ряде так называемых пассивных экспериментов, например при изучении множества больных одной болезнью, множества колосков пшеницы на одном поле и т. д. В таких ситуациях имеет место мысленная устойчивость результата в силу принципиальной допустимости воспроизведения опытов в постоянных условиях (см. [3, т. 1]), но генеральная совокупность определена нечетко (то ли все больные мира, то ли данного региона и т. д.). Применение статистических критериев здесь сталкивается с рядом трудностей, многие из которых названы в [8]. Поэтому можно согласиться с С. А. Айвазяном, считающим такие совокупности «промежуточным объектом» для применения статистических критериев [3, т. 1]. Добавим, что регулярную пользу доверительные интервалы здесь могут принести, по нашему мнению, не сами по себе, а всочетании со схемой нескольких серий, когда интервалы разных наборов наблюдений сравниваются с целью установить в них что-то общее. Однако такие исследования выполняются очень редко.

Дальше немного рассуждений об экономических исследованиях&nbsp[показать]



   3.0.153.0.15

ahs

старожил
★★★★
Fakir> В соответствии с другим мнением, вероятностные оценки либо имеют очень малую область полезного применения, либо неприменимы вообще нигде [8 и др.].

Радикальное какое-то мнение :)

Пример из жизни (взял наиболее удобочитаемое)

Принципы доказательной медицины в лечении артериальной гипертензии: анализ результатов исследований ASCOT-BPLA и ALLHAT | Медицинский портал «Здоровье Украины»

Машины Hyundai в Украине: актуальные цены, лучшая база авто. Киноафиша, новости, фильмы на kino.ukr.net. Полная телепрограмма на все каналы.Новости спорта Украины и Мира на портале UKR.NET. В Стокгольме (Швеция) 4 сентября 2005 года на 49-м Европейском конгрессе кардиологов впервые были обнародованы результаты многоцентрового рандомизированного контролируемого исследования по предотвращению сердечно-сосудистых осложнений у больных с гипертонической болезнью – ASCOT-BPLA, которое изменило наше представление о препаратах первой линии в лечении гипертонической болезни. // Дальше — www.health-ua.org
 

Последняя фраза
Расхождения в исследованиях ASCOT-BPLA и ALLHAT, по результатам которого препаратами первой линией в лечении артериальной гипертензии являются диуретики и к которому профессор С. Юсуф имел непосредственноеое отношение, он объяснил разницей в американской и европейской популяциях.
 


А вот причина - чисто экономическая :D

Для согласования своих действий с организаторами исследования ALLHAT профессор Петер Север посетил Вашингтон. В результате визита он выяснил: в исследовании ALLHAT примут участие 55% афро-американцев и жителей Карибских островов, что в определенной степени и предопределило результаты исследования.
 


Т.е. американцы определились с терапией, а потом европейцы удивились - и тоже определились. Более того - даже подход к диагностике и контролю изменили по результатам http://old.consilium-medicum.com/media/consilium/06_11/5.shtml

В медицине и биологии так много неохваченных статистическими исследованиями актуальных тем, что легко можно спроектировать исследование со 100% применимыми результатами.
   
1 2 3

в начало страницы | новое
 
Поиск
Настройки
Твиттер сайта
Статистика
Рейтинг@Mail.ru