semen> В идеале хотелось бы просто размер конечного файла задать, ну плюс канальность-битрейт звука там выставить и Вася не чешись.
В общем случае задача совершенно автоматически не решается. Например, на DVD будет несколько видео-дорог (меню, реклама) и несколько неидентифицированных аудиодорог (разная канальность, языковые, принадлежность которых в .mkv принято явно указывать).
Я бы, если б потребовалось, разрбрал DVD на компоненты (под это есть много софта), переконвертировал бы нужные аудио/видео дороги унифицированными скриптам (битрейт типовой, канальность автоматическая). А потом собрал бы уже в том же GUI mkvtoolnix за 5 минут с нужными кусками и в нужном порядке. Правда, на сегодня, на сколько я знаю, нормально проблема mkv-меню ещё не решена.
...
А так я у себя на винте храню обычно кино.dvd.iso - образ диска, в который ещё картинка cover.jpg в корень кинута для генерации превьюшек. Один файл, смотрится как обычное видео, но в точности, как оригинал и при надобности назад на болванку записывается.