[image]

Математические модели эпидемий

 
1 2 3 4 5

VAS63

модератор
★★★☆
Сообщение было перенесено из темы Атипичная пневмония (коронавирус) в России.
Fakir> Судя по всему, коэффициент R0, сколько еще человек заражает один заболевший.
Это можно как-то реально вычислить?
   80.0.3987.13280.0.3987.132
+
-
edit
 

ждан72

аксакал
★★
VAS63> Это можно как-то реально вычислить?
Китайцы заявляют 2,3-2,5
   81.0.4044.11781.0.4044.117
RU Серокой #11.05.2020 19:42  @VAS63#11.05.2020 19:34
+
-
edit
 

Серокой

координатор
★★★★
VAS63> Это можно как-то реально вычислить?

Недавно заявлялось 1,06. По таблицам ttt можно. :) По приросту по сути.
   

Fakir

BlueSkyDreamer
★★★★☆
VAS63> Это можно как-то реально вычислить?

Как-то что-то кое-где у нас порой. Сравнивая предсказания моделей с наблюдаемыми данными и подгоняя коэффициент в модели так, чтобы сошлось со статистикой заболевших. Криво, косо, ненадёжно, зависит от применяемой модели, зависит от выявления заболевших.
Вероятно, для вычисления принята какая-то конкретная эталонная модель, а цифирь заболевших тупо берётся какая есть, м.б. с каким-то тоже включенным в стандарт алгоритмом вычисления с учётом числа тестов и выявленных.
   51.051.0
RU Серокой #11.05.2020 19:53  @Серокой#11.05.2020 19:42
+
-
edit
 

Серокой

координатор
★★★★
Серокой> Недавно заявлялось 1,06.

Коэффициент распространения коронавируса в РФ снизился

Коэффициент распространения коронавируса в России составил 1,06, в Москве — чуть ниже, это минимальное с начала эпидемии значение. Об этом сообщает оперативный штаб по борьбе с COVID-19 в субботу, 9 мая. //  iz.ru
 
   
+
+2
-
edit
 

yacc

старожил
★★★
ждан72> Китайцы заявляют 2,3-2,5
Это в Китае.
В РФ на текущий момент выше.

SEIRD модель выглядит так
 


И вот уравнения если не считать естественный прирост/смертность населения

Так вот - R0 = beta/gamma - т.е. отношение коэффициента заражения beta ( переход из S в E )
к коэффициенту выздоровления gamma ( переход из I в R )

Для оценки R0 можно разделить дневное количество новых подтвержденных заражений к числу дневных выздоровлений.

Вот как это выглядит для Москвы

Я не поленился да сделал виртуалку с убунтой и поставил туда Anaconda ( научный Python ) и посчитал SEIRD модель для случая Москвы где-то с 26 марта
Так вот чтобы подогнать данные - чтобы кривые модели соответствовали реальным I, R, D - у меня получался R0 порядка 10.

Так что нам до китайцев ....
К слову - а вот по Беларуси - там, как не странно, выглядит лучше
Прикреплённые файлы:
IR_msk.jpg (скачать) [803x453, 50 кБ]
 
IR_msk_rb.jpg (скачать) [870x449, 45 кБ]
 
 
   70.0.3538.6770.0.3538.67
Это сообщение редактировалось 12.05.2020 в 01:55
+
+1
-
edit
 

yacc

старожил
★★★
Сообщение было перенесено из темы Атипичная пневмония (коронавирус) в России.
Anarky> Меры результат некоторый дали, ушли от экспоненты.
Не было в РФ да и в Китае никогда экспоненты.
   70.0.3538.6770.0.3538.67
+
+2
-
edit
 

Anarky

аксакал
★☆

Anarky>> Меры результат некоторый дали, ушли от экспоненты.
yacc> Не было в РФ да и в Китае никогда экспоненты.

В начале апреля была, я где то здесь строил с хорошим коэффициентом корреляции.
   2020

Fakir

BlueSkyDreamer
★★★★☆
Сообщение было перенесено из темы Атипичная пневмония (коронавирус) в России.
yacc> Ива забыл такой параметр как плотность населения, по которому Москва первая

А есть внятные модели или эмпирические данные, в к-х она бы фигурировала и модель хорошо согласовывалась бы с эмпирикой?
На выпуклый глаз важна не плотность населения, а плотность контактов. К-я от плотности населения может зависи и неоднозначно.
   51.051.0

yacc

старожил
★★★
Fakir> А есть внятные модели или эмпирические данные, в к-х она бы фигурировала и модель хорошо согласовывалась бы с эмпирикой?
Fakir> На выпуклый глаз важна не плотность населения, а плотность контактов. К-я от плотности населения может зависи и неоднозначно.
На выпуклый взгляд посмотри на низкотемпературную плазму - частота столкновений прямо пропорциональна плотности. :D

Ну вот навскидку модели

Частота контактов растет с плотностью но не всегда линейно - в большой толпе она наоборот снижается
И это понятно - если большая толпа типа очереди в метро, то ты ограничен ближайшим кругом ибо вся толпа движется в одном направлении, а не случайно-броуновски перемещаясь
Т.е. количество контактов в этом случае ниже чем в более разреженной толпе - скажем в торговом центре, где количество близких контактов легко выльется в сотни, хотя в метро будут ну скажем десятки.
   70.0.3538.6770.0.3538.67

yacc

старожил
★★★
Anarky> В начале апреля была, я где то здесь строил с хорошим коэффициентом корреляции.
Я тоже.
Так вот по среднеквадратичной ошибке квадратная форма лучше аппроксимировала уже тогда дневные случаи.
   70.0.3538.6770.0.3538.67

Fakir

BlueSkyDreamer
★★★★☆
yacc> На выпуклый взгляд посмотри на низкотемпературную плазму - частота столкновений прямо пропорциональна плотности. :D

Ну зачем разводить псевдонаучность? Люди не газ. В 24-этажной высотке (и спальном квартале таких высоток) они набиты с плотностью, на порядки превышающей деревенскую, тем не менее плотность социальных контактов в деревне может быть даже больше.
Одинаковая плотность в жилой/офисной застройке, но разные транспортные предпочтения (авто либо общественный транспорт) - число и "качество" (длительность) социальных контактов резко меняется.
Так что или эмпирика, или очень детализированная (= запредельно сложная) модель - или получится ни о чём.

yacc> Ну вот навскидку модели
yacc> The scaling of contact rates with population density for the infectious disease models - ScienceDirect

Ну квазинаучность же. Модель хоть и сравнительно навороченная, но тем не менее всё равно грубая. Эмпирической сверки нет.
Выглядит солидно, для практического применения - так себе. Как минимум без адаптации коэффициентов эмпирикой брать не стоит.

yacc> Т.е. количество контактов в этом случае ниже чем в более разреженной толпе - скажем в торговом центре, где количество близких контактов легко выльется в сотни, хотя в метро будут ну скажем десятки.

...а когда вспоминаешь, что для передачи роль играет не только число контактов, но и длительность, то...
   51.051.0
Это сообщение редактировалось 12.05.2020 в 12:18

yacc

старожил
★★★
Fakir> Ну зачем разводить псевдонаучность? Люди в 24-этажной высотке (и спальном квартале таких высоток) набиты с плотностью, на порядки превышающей деревенскую, тем не менее плотность социальных контактов в деревне может быть даже больше.
Не смеши.
В 24-этажной высотке есть лифт где ты контактируешь со своими соседями, с которыми даже не знаком.

Fakir> Ну квазинаучность же.
Лихо ты Epidemiological Modeling (EMOD) Group, Intellectual Ventures Laboratory, 1555 132nd Ave. NE, Bellevue, WA 98005, USA назвал квазинаучной.
Ты же вроде не эпидемиолог - как ты научность эпидемиологических моделей оцениваешь ? :D

Fakir> ...а когда вспоминаешь, что для передачи роль играет не только число контактов, но и длительность, то...
Нет длительности контакта в типичных эпидемиологических моделях.

Compartmental models in epidemiology - Wikipedia

Compartmental models simplify the mathematical modelling of infectious diseases. The population is assigned to compartments with labels - for example, S, I, or R, (Susceptible, Infectious, or Recovered). People may progress between compartments. The order of the labels usually shows the flow patterns between the compartments; for example SEIS means susceptible, exposed, infectious, then susceptible again. The origin of such models is the early 20th century, with an important work being that of Kermack and McKendrick in 1927. The models are most often run with ordinary differential equations (which are deterministic), but can also be used with a stochastic (random) framework, which is more realistic but much more complicated to analyze. //  Дальше — en.wikipedia.org
 

Тебя же не смущает, что в дозвуковой аэродинамике воздух считают несжимаемым ? :p
   70.0.3538.6770.0.3538.67

Fakir

BlueSkyDreamer
★★★★☆
yacc> Не смеши.
yacc> В 24-этажной высотке есть лифт где ты контактируешь со своими соседями, с которыми даже не знаком.

Ерунда. Плотность этих контактов - мала. В типичной башне на подъезд не меньше 4 лифтов и т.п., и далеко не каждый раз едет несколько человек (причём из разных квартир), и длительность мала.
Лично я в лифте с кем-то еще всю жизнь оказываюсь много если 1 раз из 5, чаще 1 из 10.

yacc> Ты же вроде не эпидемиолог - как ты научность эпидемиологических моделей оцениваешь ? :D

Не занимайся демагогией. Таких моделей любой математик или теоретик настроит, если заплатить. Они неплохи как упражнение, но без верификации - ни о чём.
В сущности это гипотезы ad hoc, они могут выявить и корректно продемонстрировать какие-то качественные закономерности, позволить проводить качественный анализ - но не количественный (без верификации по опытным данным).

yacc> Нет длительности контакта в типичных эпидемиологических моделях.

...что и свидетельствует об их ограниченной прикладной ценности. Увы. В чём и проблема.

yacc> Тебя же не смущает, что в дозвуковой аэродинамике воздух считают несжимаемым ? :p

Видишь ли, в моделях длительность контактов не учитывают, а эмпирические данные свидетельствуют о том, что она весьма значима.
Вывод сам сделаешь?


Еще раз повторюсь: модель может и можно сделать практически значимой для количественных (а не только качественных) оценок, но это возможно только после верификации эмпирикой и подбора коэффициентов.
   51.051.0

yacc

старожил
★★★
Fakir> Ерунда. Плотность этих контактов - мала.
Этого достаточно чтобы перетащить заразу между кластерами ( семья, коллеги ) где она пойдет значительно быстрее.

Fakir> Не занимайся демагогией. Таких моделей любой математик или теоретик настроит, если заплатить. Они неплохи как упражнение, но без верификации - ни о чём.
Ты вообще статью читал?
Сколько я не видел статей по эпидемиологии - там всегда идет сопоставление с реальными данными и эта - не исключение

yacc>> Нет длительности контакта в типичных эпидемиологических моделях.
Fakir> ...что и свидетельствует об их ограниченной прикладной ценности.
Так и считают везде.
Ровно также аппроксимация по всей стране моделью типа SEIR имеет очень ограниченную ценность

Fakir> Видишь ли, в моделях длительность контактов не учитывают, а эмпирические данные свидетельствуют о том, что она весьма значима.
Как будто этих данных не было раньше, когда модели вводили :p
   70.0.3538.6770.0.3538.67

Fakir

BlueSkyDreamer
★★★★☆
yacc> Ты вообще статью читал?

Просмотрел. Количественной верификации не увидел.
Можешь ткнуть пальцем (страница, абзац), в количественную проверку эмпирикой?

yacc> Сколько я не видел статей по эпидемиологии - там всегда идет сопоставление с реальными данными и эта - не исключение

Ну я видел что-то десятка полтора-два и одну монографию. Сопоставление там если бывало, то не везде, и чаще довольно грубое, если не сказать - условное. В монографии так и вовсе никакого! (буквально один качественный пример, многовспышечности с повторяемостью, а количественно так фиг)

yacc> Ровно также аппроксимация по всей стране моделью типа SEIR имеет очень ограниченную ценность

Да кто бы спорил.


Fakir>> Видишь ли, в моделях длительность контактов не учитывают, а эмпирические данные свидетельствуют о том, что она весьма значима.
yacc> Как будто этих данных не было раньше, когда модели вводили :p

? И? Модели без верификации от этого лучше стали?
   51.051.0

yacc

старожил
★★★
Fakir> Можешь ткнуть пальцем (страница, абзац), в количественную проверку эмпирикой?
3. Empirical examples

Fakir> Ну я видел что-то десятка полтора-два и одну монографию. Сопоставление там если бывало, то не везде, и чаще довольно грубое, если не сказать - условное.
Я видел отсутствие эмпирики только в статьях математических - где скажем диффур рассматривали на устойчивость по Ляпунову.
"Довольно грубое" - я так напомню что погрешность считывания с экрана осциллографа порядка 10% :D
   70.0.3538.6770.0.3538.67
MD Serg Ivanov #12.05.2020 13:32  @Fakir#12.05.2020 12:21
+
+2
-
edit
 

Serg Ivanov

аксакал
★☆
yacc>> Не смеши.
yacc>> В 24-этажной высотке есть лифт где ты контактируешь со своими соседями, с которыми даже не знаком.
Fakir> Ерунда. Плотность этих контактов - мала. В типичной башне на подъезд не меньше 4 лифтов и т.п., и далеко не каждый раз едет несколько человек (причём из разных квартир), и длительность мала.
Fakir> Лично я в лифте с кем-то еще всю жизнь оказываюсь много если 1 раз из 5, чаще 1 из 10.
Это вообще неважно. Важно другое:

Названо самое опасное место для заражения коронавирусом

Самым опасным местом в офисах для заражения коронавирусом назвали лифт. Там плохая вентиляция: размер кабин зачастую даже меньше туалетов. Человек может думать, что находится в безопасности, если едет в лифте один, однако он забывает, что в кабине кто-то мог до него чихать или кашлять. //  lenta.ru
 
В лифтах плохая вентиляция: размер кабин зачастую даже меньше туалетов. Человек может думать, что находится в безопасности, если едет в лифте один, однако забывает, что в кабине кто-то мог до него чихать или кашлять. Коронавирус способен выживать вне человеческого организма до двух суток на сухих поверхностях, а в жидких средах еще дольше, поэтому кнопки в лифте также могут являться источниками инфекции.

Китайские медики советуют ездить в лифтах только в маске и не нажимать на кнопки голыми руками. После поездки необходимо тщательно мыть руки с мылом как минимум в течение 20 секунд.
 
   52.052.0

Fakir

BlueSkyDreamer
★★★★☆
Fakir>> Можешь ткнуть пальцем (страница, абзац), в количественную проверку эмпирикой?
yacc> 3. Empirical examples

Да ты сам-то его читал?! Верификация по данным столетней давности?!! Заведомо неполным и с неизвестной точностью.
Именно об этом я и говорю - весьма качественная верификация, о количественности говорить не приходится.

Что уж тут говорить о применимости зависимостей от плотности населения для современных городов.


yacc> "Довольно грубое" - я так напомню что погрешность считывания с экрана осциллографа порядка 10% :D

Кто-то нынче считывает с экрана? Все нормальные люди для анализа пользуются файлами с данными.
   51.051.0

yacc

старожил
★★★
Fakir> Да ты сам-то его читал?! Верификация по данным столетней давности?!! Заведомо неполным и с неизвестной точностью.
Вообще не вижу проблем.

Fakir> Именно об этом я и говорю - весьма качественная верификация, о количественности говорить не приходится.
Fakir> Кто-то нынче считывает с экрана? Все нормальные люди для анализа пользуются файлами с данными.
Ты хоть иногда историю науки смотришь?
Куча теорий - в т.ч. та же физика плазмы - появилась когда считывали именно с экранов осциллографов.
Но тебя это нифига не смущает в части точности.

Я так напомню что SIR модель - это 1927 год, а SEIR - 1984.
   

Fakir

BlueSkyDreamer
★★★★☆
yacc> Вообще не вижу проблем.

Плохо.

Fakir>> Именно об этом я и говорю - весьма качественная верификация, о количественности говорить не приходится.
Fakir>> Кто-то нынче считывает с экрана? Все нормальные люди для анализа пользуются файлами с данными.
yacc> Ты хоть иногда историю науки смотришь?

"Это вы мене?" © Мюнхаузен :lol2:

yacc> Куча теорий - в т.ч. та же физика плазмы - появилась когда считывали именно с экранов осциллографов.

"Физика плазмы до сих пор остаётся еще довольно грубой наукой. Только множество красивых формул, выведенных теоретиками, в какой-то степени может скрывать неразвитость её организма"
© Арцимович

"В плазме всё равно единице" © Морозов

:lol:

(и я даже не стану трогать вопроса о малой роли именно считывания с экранов осциллографов в формировании теорий)

yacc> Но тебя это нифига не смущает в части точности.

Кто тебе это сказал, и почему ты ему поверил?

yacc> Я так напомню что SIR модель - это 1927 год, а SEIR - 1984.

И член ли с того радости? Какая разница, когда именно была неточная теория, если речь о корректности её применения (с количественными выводами) сейчас? Не с точностью до порядка.
Ей-богу, прекращал бы демагогию.
   51.051.0

yacc

старожил
★★★
Fakir> (и я даже не стану трогать вопроса о малой роли именно считывания с экранов осциллографов в формировании теорий)
Я напомню, что ты говоришь не о формировании теории, а ее верификации.

Fakir> И член ли с того радости? Какая разница, когда именно была неточная теория, если речь о корректности её применения (с количественными выводами) сейчас? Не с точностью до порядка.
А ты САМ гонял модель ?
Ты считаешь что сидеть а-ля болельщиком с фразой "судью на мыло!" - это типа конструктивно ?

У меня вот по SEIRD погрешность ну 10% будет с реальными данными по Москве - как на том осциллографе, а не порядок.
В мире так только Китай выбивается кардинально, что многие задумываются о корректности его данных - очень уж он отличается.
Точноть тестов - та еще. Среди знакомых - экспресс дает +, два теста более длительных с образцами в тот же день - один + второй -.
А ты какой-то точности требуешь... На каком основании ?
   

yacc

старожил
★★★
Пусть будет здесь - анализ ежедневных данных на случайность по РФ и Германии

Татьяна Михайлова

Итак, обещанный текст про региональные данные по заболеваемости клятой ковидлой. Знаменитое «Курское плато» уже все видели. Число случаев в официальной статистике практически стабильно день ото дня,... //  m.facebook.com
 
   70.0.3538.6770.0.3538.67
+
-
edit
 

spam_test

аксакал


yacc> А ты САМ гонял модель ?
строить модели на всю страну также осмысленно, как делать прогноз погоды на нее же исходя из вчерашней погоды. Получатся хорошо если корреляции.
Да и малоосмысленно.

Зато куда как важнее и полезнее было бы построить модели для типичных ситуаций. Транспорт, магазин, школа и т.п. С коэффициентами, которые можно подставить исходя из метной специфики. Чтобы можно было посмотреть, где наибольшие риски, соответственно из этого выбирать меры противодействия. А не так, как сейчас, запрещая ситуации с околонулевой вероятностью заражения, но разрешая те, где вероятность стремится к верхнему пределу.
   77.0.3865.9377.0.3865.93
+
-
edit
 

yacc

старожил
★★★
yacc>> А ты САМ гонял модель ?
s.t.> строить модели на всю страну также осмысленно, как делать прогноз погоды на нее же исходя из вчерашней погоды. Получатся хорошо если корреляции.
Во-1 - она строится, она уже есть. Она гоняется.
Во-2 - я и не смотрю РФ целиком - только Москву - учись читать ©
   
1 2 3 4 5

в начало страницы | новое
 
Поиск
Настройки
Твиттер сайта
Статистика
Рейтинг@Mail.ru