Попалось про оценку минимального количества микробов, достаточного для заражения (если я их правильно понял). Не коронавирусом, скорее гриппом-ОРВИ, но тем не менее. Оценили в первые сотни вирионов. Пишут, что согласно другим авторам достаточно и 3-4 вирионов.
Но в общем-то и пара сотен вирионов - это как-то немного, я полагал, что речь должна идти о величинах на порядки больших. Впрочем, кажется, согласно их хитрой методике они получают скорее границу снизу, м.б. на деле и больше нужно.
И вообще, кажется, я наврал, и они не столько минимальную инфицирующую дозу как таковую изучают, сколько влияние её возможного размера на генетическое разнообразие вируса. Т.е. и как границу снизу рассматривать можно только с большой осторожностью - кажется, есть вероятность, что это не минимальная, а скорее типичная. Нет, всё-таки именно минимальную инфицирующую, по кр. мере по задумке. "The transmission bottleneck is defined as the number of viral particles that transmit from one host to establish an infection in another." - в другом источнике более чётко сформулировано.
The bottleneck governing infectious disease transmission describes the size of the pathogen population transferred from the donor to the recipient host. Accurate quantification of the bottleneck size is particularly important for rapidly evolving pathogens such as influenza virus, as narrow bottlenecks reduce the amount of transferred viral genetic diversity and, thus, may decrease the rate of viral adaptation. Previous studies have estimated bottleneck sizes governing viral transmission by using statistical analyses of variants identified in pathogen sequencing data. These analyses, however, did not account for variant calling thresholds and stochastic viral replication dynamics within recipient hosts. Because these factors can skew bottleneck size estimates, we introduce a new method for inferring bottleneck sizes that accounts for these factors. Through the use of a simulated data set, we first show that our method, based on beta-binomial sampling, accurately recovers transmission bottleneck sizes, whereas other methods fail to do so. We then apply our method to a data set of influenza A virus (IAV) infections for which viral deep-sequencing data from transmission pairs are available. We find that the IAV transmission bottleneck size estimates in this study are highly variable across transmission pairs, while the mean bottleneck size of 196 virions is consistent with a previous estimate for this data set. Furthermore, regression analysis shows a positive association between estimated bottleneck size and donor infection severity, as measured by temperature. These results support findings from experimental transmission studies showing that bottleneck sizes across transmission events can be variable and influenced in part by epidemiological factors.IMPORTANCE The transmission bottleneck size describes the size of the pathogen population transferred from the donor to the recipient host and may affect the rate of pathogen adaptation within host populations. Recent advances in sequencing technology have enabled bottleneck size estimation from pathogen genetic data, although there is not yet a consistency in the statistical methods used. Here, we introduce a new approach to infer the bottleneck size that accounts for variant identification protocols and noise during pathogen replication. We show that failing to account for these factors leads to an underestimation of bottleneck sizes. We apply this method to an existing data set of human influenza virus infections, showing that transmission is governed by a loose, but highly variable, transmission bottleneck whose size is positively associated with the severity of infection of the donor. Beyond advancing our understanding of influenza virus transmission, we hope that this work will provide a standardized statistical approach for bottleneck size estimation for viral pathogens.
// www.semanticscholar.org
This process is automatic. Your browser will redirect to your requested content shortly.
Please allow up to 5 seconds…
// jvi.asm.org
The transmission bottleneck is defined as the number of viral particles that transmit from one host to establish an infection in another. Genome sequence data has been used to evaluate the size of the transmission bottleneck between humans infected with the influenza virus, however, the methods used to make these estimates have some limitations.
Applied to data from a previous household transmission study of
influenza A infection we confirm the result that the majority of transmission events involve a 32
small number of viruses, albeit with slightly looser bottlenecks being inferred, with betwee between 1 and 13 particles transmitted in the majority of cases.
Хм, тут вообще ничтожные величины. Конечно, это не коронавирус напрямую - но по кр. мере, выходит, для респираторных вирусов такие малые инфицирующие дозы возможны.
С другой стороны, это число вирусов, которые
де-факто вызвали процесс - но сколько их должно было для этого попасть в организм? Прямо вот столько, или скорее всё-таки больше, усушка там, утруска, иммунитет неспецифический, слизь? Короче опять непонятки.
До кучи - по некоторым данным, заболеваемость ОРВИ-ОРЗ снижается на четверть при снижении микробного загрязнения воздуха помещений основного коллективного пребывания всего лишь в два раза. Это при том, что остаются транспорт, магазины, иные контакты.
С т. зр. противоэпидемиологической практики выглядит весьма разумным ограничение не только социальной дистанции, но и числа людей, одновременно находящихся в тех же магазинах и прочих общественных местах, в транспорте.